Влияет ли на SEO, если страницы доступны только по ссылке?

Да, влияет. Если на страницу нет внутренних ссылок с других страниц сайта (сиротские страницы), поисковик может её просто не найти или посчитать малозначимой. У себя я такие страницы добавляю хотя бы в sitemap и цепляю ссылку из футера или сайдбара — индексация становится лучше.