Почему пропали папки Sysvol и Netlogon на одном из контроллеров домена?

Скорее всего трабла с репликацией sysvol, либо через DFSR (или FRS, если домен старый). Глянь ивенты в Event Viewer — часто там прямым текстом пишут, почему netlogon не стартанул и шары не расшарились. Может время на контроллерах разошлось или кто-то случайно вручную удалил папки. Попробуй перезапустить службу netlogon и проверь состояние репликации через `repadmin /replsummary`.