0
Скорее всего кто-то кривой запрос гоняет, который лочит таблицу или full scan делает без индексов. На VPS часто ресурсов впритык, и если еще своп полезет из-за буфера — всё, приехали. Глянь SHOW FULL PROCESSLIST в момент тормозов, сразу видно будет виновника.