Нужна возможность редактирования файла robots.txt отдельно для каждого поддомена, можно ли это сделать с помощью yoast seo? Или с помощью чего?

Через сам Yoast вряд ли — он генерит один robots.txt на весь сайт/мультисайт. Если у тебя поддомены физически разные установки WP, то просто правишь файл в корне каждого. Если это мультисайт, проще через фильтр robots_txt в functions.php или плагин WP Robots Txt.