Можно ли связать координаты удаленного рабочего стола на VPS и основного рабочего стола ПК, чтобы кликер на VPS мог считывать координаты с ПК?

Если нужно, чтобы кликер на VPS знал координаты с твоего ПК, самый простой путь — передавать их по сети. На ПК запускаешь скрипт, который ловит позицию курсора (pyautogui, например) и шлёт по TCP/UDP на VPS, а там кликер слушает этот порт и превращает в клики. Только учти, что разрешения экрана на VPS и на ПК могут отличаться — придётся пересчитывать координаты, и задержка будет. Но в целом рабочий костыль.