Как заставить bitrix:news.list работать с bitrix:catalog.filter при том, что bitrix:catalog.filter расположен ниже bitrix:news.list?

Они тупо не сработаются, если фильтр ниже, потому что стандартный маппинг рассчитан на порядок сверху вниз. Можно обернуть оба компонента в общий div, дать ему id (например, catalog-wrapper), и в настройках catalog.filter в параметре "Контейнер для ajax-подгрузки" указать этот id. Но лучше просто поставить фильтр выше списка, и всё заработает из коробки без плясок с бубном.