На серваке в smb.conf пропиши `winbind use default domain = yes` и рестартани smbd — тогда домен сам будет цепляться к любому логину.
Если подключаешься с линукса через mount.cifs, просто передай домен отдельным параметром: `-o username=user,domain=MYDOMAIN` и вводи юзера без домена.