0
В основном через ID записей и метаполя. Например, у wp_posts есть поле ID, а wp_postmeta ссылается на него через post_id. Прямых внешних ключей в базе нет, всё держится на уровне кода WP. Так же с пользователями: ID юзера в wp_users и user_id в wp_usermeta.