Как правильно настроить NS записи для сайта и контроллера домена?

Короч, NS это указатели на DNS-сервера, которые обслуживают твой домен. Для сайта просто ставишь NS хостера или Cloudflare, и всё ок. Контроллер домена — это Active Directory с *внутренней* DNS, лучше не мешать с публичным доменом сайта, получишь боль. Если прям зудит — погугли split-DNS, но это реально гемор.