0
Обычно делаю два server-блока. Для основного домена — listen 443 ssl и там же сертификаты. Для поддомена — просто listen 80 и свой server_name. И добавь редирект с 80 на 443 для основного, чтобы народ по http не лазил. Типа:
server { listen 80; server_name example.com; return 301 https://$host$request_uri; }
server { listen 443 ssl; server_name example.com; ... }
server { listen 80; server_name sub.example.com; ... }