Я обычно переношу проекты на VPS так: git clone на сервер, composer install, настраиваю nginx/apache чтобы корнем была папка web. В config/db.php прописываю доступы к базе, даю права на запись для runtime и assets (chmod 777 или chown на www-data). Потом проверяю /web/requirements.php и миграции если есть — всё должно работать.
Дополнительно к базовому переносу стоит сразу настроить окружение через Yii-окружения (common/config/main-local.php, params-local.php и т.п.). Не редактируйте боевые конфиги вручную — используйте `init --env=Production`, чтобы подтянулись правильные параметры. Это избавит от утечки локальных настроек и упростит деплой.
После composer install обязательно выполните `php yii migrate --interactive=0` и проверьте права не только на runtime/assets, но и на `web/assets`. Для production лучше выставить `YII_DEBUG=false` в index.php (или через env-переменную). Настройте PHP-FPM с opcache и реальным пользователем, а не www-data, если планируете несколько сайтов — так безопаснее.
Не забудьте про crontab: для очередей и cron-задач Yii добавьте вызов `php yii schedule/run` или конкретных команд. И сразу пропишите редирект с http на https и настройки gzip в nginx — иначе после переезда будете гадать, почему сайт медленный.