Как перенести каталог основного домена из public_html в отдельную папку?

Глянь в панели хостинга настройки доменов — там почти всегда можно указать кастомный document root. Если нет, просто кинь симлинк в public_html на нужную папку командой `ln -s /путь/папка` или через .htaccess с RewriteRule. Не забудь поправить пути в конфигах CMS, если она есть.