0
Глянь пакет stancl/tenancy для мультитенатности, он норм решает изоляцию баз. По архитектуре — делай модульный монолит: отдельное ядро для общего функционала и модули под конкретные магазы, иначе в каше утонешь. Ну и API с очередями сразу закладывай, без них никуда.