Как обезопасить клиентов на одном VPS сервере?

Я бы юзал Docker или LXC, каждому клиенту свой контейнер с лимитами по CPU/ОЗУ и отдельной сеткой. Главное — отрубить exec()/system() в PHP и залочить фаерволом доступ между юзерами. Ещё хорошо добавить AppArmor/SELinux для принудительной изоляции, и fail2ban от брутфорса не помешает.