0
Самый простой способ — зайди в панель хостинга, обычно там есть встроенный антивирус (типа ClamAV) или проверка целостности. Если нет — качай бекап на комп, проверяй локально антивирусом и grep'ом по типовым сигнатурам (eval, base64_decode). Потом чисти и заливай обратно, ну и пароли сразу смени везде.