Как настроить шаблон каталога, чтобы для страниц разделов заполнялись мета теги из полей вкладки SEO?

Скорее всего у тебя не в шаблоне дело, а в выводе мета-полей в header.php. Если поля SEO из вкладки реально заполнены, в каталоге они обычно доступны через $arResult['SECTION']['IPROPERTY_VALUES'] (для битрикса) или get_term_meta (для wp). Просто в нужном месте дёргай эти переменные, да. Если не пашет — сбрось кеш и проверь, включена ли подстановка в настройках компонента.