Как настроить Bitrix для приёма уведомлений от платежной системы?

Кидаешь обработчик на сервер (я обычно в /local/php_interface/ кладу), в нём ловишь POST, проверяешь подпись от платёжки и дёргаешь CSaleOrder::PayOrder. В админке в настройках платёжной системы прописываешь урл этого скрипта. Не забудь включить логирование — сразу будет видно, что приходит и где ошибка.