Как мне пользоваться облаком (я.диск, dropbox), если некоторые файлы не хотят перебрасываться в него из-за нулевого веса (node_modules/bin)?

Я вечно мучаюсь с этим node_modules. Если файлы с нулевым весом — обычно это симлинки на линуксе/маке, облака такое не переваривают. Проще всего вообще не кидать node_modules в облако, а просто package.json синхронизировать и потом npm install делать на месте. Ну или перед загрузкой заархивируй всю папку в zip, так точно долетит