Как лучше сделать бекап всего vps?

Если хостинг позволяет, снапшоты — самый простой и надёжный варик. Сам юзаю DigitalOcean, там раз в неделю кликаешь и всё. Если нет, то можно tar'ом всю систему (кроме /proc, /sys, /dev) и rclone на облако, но учти что разворачивать потом тот ещё гемор, проще сразу важные конфиги и данные бэкапить отдельно.