Как исправить ошибку при получении сертификата через certbot-auto?

Без текста ошибки сложно угадать, но чаще всего либо certbot устарел, либо веб-сервер не пускает в /.well-known/acme-challenge. Попробуй обновить certbot (certbot-auto обновится сам, если запустить без ключей) и проверь, что 80 порт открыт и слушает именно нужный сервер. Если используешь nginx/apache, можно на время сертификации их остановить — часто помогает.