0
Скорее всего памяти не хватает и база проваливается в своп, впс диск тогда жутко тормозит. Ещё часто виноваты долгие незакрытые транзакции или блокировки на уровне таблиц, я бы в первую очередь глянул innodb_buffer_pool_size и настройки флаша на диск.