0
Если честно, гит с битриксом это боль, но решаемо. Я всегда выношу только /local и /bitrix/templates в репу, всё остальное (ядро, модули, бекапы) в .gitignore с корня. Для деплоя проще всего дёргать composer и миграции через консоль, а ядро обновлять только через админку или отдельный архив. И да, никогда не храни /upload в гите, замучаешься чистить историю.