0
Если функционал про внешний вид (шаблоны, стили) — в дочернюю тему. Если это логика, которая не должна зависеть от темы (кастомные типы, шорткоды, SEO) — однозначно в плагин. Так не потеряется при смене темы и проще переиспользовать. В functions.php дочерней темы пихаю только если совсем мелочь и для конкретного проекта.