Что делать, если Nginx не считывает корневой домен?

Скорее всего у тебя другой сервер блок настроен как default_server, вот он и перехватывает запросы. Укажи в нужном конфиге `listen 80 default_server;` и проверь, что `server_name` точно соответствует домену без www, если оно не прописано отдельно. У самого так было, полчаса тупил.