Бывает, что после изменения свойств или импорта товаров индекс сам слетает. Зайди в админку в настройки инфоблока и глянь, включена ли галка "использовать в фасетном индексе" для нужных свойств. если стоит, то просто переиндексацию запусти — обычно помогает.
Если фасетный индекс слетает регулярно, а не разово, стоит копнуть глубже. Частая причина — массовые операции: импорт, изменение свойств или обновление цен через «Массовое изменение». При этом некоторые настройки инфоблока могут перезаписываться, особенно если в выгрузке не указано «Использовать в фасетном индексе». Проверьте, не сбрасывается ли эта галка после очередного импорта — возможно, нужно править параметры свойства в самом импорт-файле.
Также обратите внимание на агенты. Переиндексация в Bitrix выполняется агентом, и если у вас не настроен cron, агент может не отрабатывать при реальных хищениях. Тогда индекс «отваливается» сам собой. Убедитесь, что в настройках модуля указан корректный запуск агентов через cron, а не на хите.
Ещё один момент: если у вас торговый каталог с ценами, индекс для цен сбрасывается отдельно. Проверьте, что в настройках торгового каталога включена индексация цен, и при необходимости перегенерируйте её вручную. Полезно добавить мониторинг: раз в день проверять статус индекса через API и оповещать администратора, если он выключен.