Как получить доступ к локальным сетям подключенных с помощью mikrotik'ов к vps через vpn l2tp ipsec?

Скорее всего дело в маршрутах и NAT. На VPS пропиши маршруты к локальным сетям микротиков через их адреса в VPN, а на самих микротиках отключи NAT для трафика, который идёт в туннель. Ещё проверь, что в firewall на обеих сторонах разрешён forward между нужными интерфейсами.